R Statistical Analysis

R is a powerful and widely-used programming language and software environment for statistical computing, data analysis, and graphical representation. It was created by statisticians Ross Ihaka and Robert Gentleman in the mid-1990s and has since become one of the most popular tools for data analysis in academia, industry, and government.

Key Features of R

Statistical Analysis:

  • R was designed specifically for statistics and data analysis. It has a vast array of statistical techniques, including linear and nonlinear modeling, time-series analysis, classification, clustering, and more.
  • It is widely used for conducting hypothesis testing, statistical inference, and regression analysis.

Data Visualization:

  • R is known for its powerful data visualization capabilities. The base R system provides a range of plotting functions, but the real power comes from packages like ggplot2, which allow for creating highly customizable and complex visualizations.
  • R can produce static graphics, interactive visualizations, and even integrate with web applications.

Extensibility through Packages:

  • R has a vast ecosystem of packages (over 18,000 available on CRAN — the Comprehensive R Archive Network) that extend its functionality. These packages cover a wide range of domains, including bioinformatics, econometrics, machine learning, and more.
  • Users can easily install and load these packages to add new features to their R environment.

Open-Source:

  • R is an open-source language, meaning it is free to use and the source code is available for anyone to inspect, modify, and enhance. This has led to a large, active community that continuously contributes to the language and its ecosystem.
  • The open-source nature also allows R to be highly portable, running on various operating systems including Windows, macOS, and Linux.

Data Handling and Storage:

  • R excels at handling and manipulating large datasets. It provides various data structures like vectors, matrices, data frames, and lists, which can be used to store and process data efficiently.
  • It also integrates well with databases and can handle data from various formats such as CSV, Excel, JSON, and SQL databases.

Integration with Other Languages:

  • R can be integrated with other programming languages such as Python, C++, and Java. This allows users to leverage R’s statistical capabilities while also utilizing the strengths of other languages.
  • R can also be embedded in web applications and used with tools like R Markdown to create dynamic reports and documents.

Support for Machine Learning:

  • R is equipped with numerous machine learning packages and algorithms for tasks such as classification, regression, clustering, and deep learning.
  • Packages like caret provide a unified interface for training and evaluating machine learning models, while others like randomForest and xgboost implement specific algorithms.
R language new advance code
install.packages("gcookbook")
Installing package into ‘C:/Users/ADMIN/Documents/R/win-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.5/gcookbook_2.0.zip'
Content type 'application/zip' length 4012215 bytes (3.8 MB)
downloaded 3.8 MB

package ‘gcookbook’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\ADMIN\AppData\Local\Temp\RtmpWmK7Tq\downloaded_packages
> library(gcookbook)
Warning message:
package ‘gcookbook’ was built under R version 3.5.2
> library(gcookbook)

> madmen2
                      Name1                    Name2
1               Abe Drexler              Peggy Olson
2                   Allison               Don Draper
3               Arthur Case             Betty Draper
4      Bellhop in Baltimore               Sal Romano
5          Bethany Van Nuys               Don Draper
6              Betty Draper               Don Draper
7              Betty Draper            Henry Francis
8              Betty Draper               Random guy
9            Bobbie Barrett               Don Draper
10 Brooklyn College Student              Peggy Olson
11                  Candace               Don Draper
12               Don Draper                  Allison
13               Don Draper         Bethany Van Nuys
14               Don Draper             Betty Draper
15               Don Draper           Bobbie Barrett
16               Don Draper                  Candace
17               Don Draper                    Doris
18               Don Draper              Faye Miller
19               Don Draper                      Joy
20               Don Draper             Megan Calvet
21               Don Draper            Midge Daniels
22               Don Draper            Rachel Menken
23               Don Draper                   Shelly
24               Don Draper          Suzanne Farrell
25               Don Draper Woman at the Clios party
26                    Doris               Don Draper
27            Duck Phillips              Peggy Olson
28                   Elliot               Sal Romano
29              Faye Miller               Don Draper
30                 Franklin            Joan Holloway
31              Greg Harris            Joan Holloway
32                   Gudrun            Pete Campbell
33              Harry Crane                    Hildy
34              Harry Crane           Jennifer Crane
35            Henry Francis             Betty Draper
36                    Hildy              Harry Crane
37          Ida Blankenship           Roger Sterling
38              Jane Siegel           Roger Sterling
39                   Janine               Lane Pryce
40           Jennifer Crane              Harry Crane
41            Joan Holloway                 Franklin
42            Joan Holloway              Greg Harris
43            Joan Holloway           Roger Sterling
44                      Joy               Don Draper
45             Joyce Ramsay              Peggy Olson
46             Kitty Romano               Sal Romano
47               Lane Pryce                   Janine
48               Lane Pryce            Rebecca Pryce
49               Lane Pryce                     Toni
50           Lee Garner Jr.               Sal Romano
51                     Mark              Peggy Olson
52             Megan Calvet               Don Draper
53            Midge Daniels               Don Draper
54           Mirabelle Ames           Roger Sterling
55            Mona Sterling           Roger Sterling
56              Paul Kinsey              Peggy Olson
57              Peggy Olson              Abe Drexler
58              Peggy Olson Brooklyn College Student
59              Peggy Olson               Don Draper
60              Peggy Olson            Duck Phillips
61              Peggy Olson                     Mark
62              Peggy Olson            Pete Campbell
63            Pete Campbell                   Gudrun
64            Pete Campbell              Peggy Olson
65            Pete Campbell        Playtex bra model
66            Pete Campbell           Trudy Campbell
67        Playtex bra model            Pete Campbell
68            Rachel Menken               Don Draper
69               Random guy             Betty Draper
70            Rebecca Pryce               Lane Pryce
71           Roger Sterling             Betty Draper
72           Roger Sterling          Ida Blankenship
73           Roger Sterling              Jane Siegel
74           Roger Sterling            Joan Holloway
75           Roger Sterling           Mirabelle Ames
76           Roger Sterling            Mona Sterling
77           Roger Sterling                    Vicky
78               Sal Romano     Bellhop in Baltimore
79               Sal Romano             Kitty Romano
80                   Shelly               Don Draper
81               Stan Rizzo              Peggy Olson
82          Suzanne Farrell               Don Draper
83                     Toni               Lane Pryce
84           Trudy Campbell            Pete Campbell
85                    Vicky           Roger Sterling
86                 Waitress               Don Draper
87 Woman at the Clios party               Don Draper
> g <- graph.data.frame(madmen2, directed=TRUE)
Error in graph.data.frame(madmen2, directed = TRUE) :
  could not find function "graph.data.frame"
> library("ggplot2", lib.loc="~/R/win-library/3.5")
Warning message:
package ‘ggplot2’ was built under R version 3.5.1
> library(ggplot2)
> library("igraph", lib.loc="~/R/win-library/3.5")

Attaching package: ‘igraph’

The following objects are masked from ‘package:stats’:

    decompose, spectrum

The following object is masked from ‘package:base’:

    union

Warning message:
package ‘igraph’ was built under R version 3.5.1
> library(igraph)
> g <- graph.data.frame(madmen2, directed=TRUE)
> par(mar=c(0,0,0,0))
> plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold, vertex.size=8, edge.arrow.size=0.5,
+      vertex.label=NA)
>
> g <- graph.data.frame(madmen, directed=FALSE)
> par(mar=c(0,0,0,0))
> plot(g, layout=layout.circle, vertex.size=8, vertex.label=NA)
>
> plot(g, layout=layout.circle, vertex.size=10, vertex.label=NA)
> plot(g, layout=layout.circle, vertex.size=6, vertex.label=NA)

> uspopage
    Year AgeGroup Thousands
1   1900       <5      9181
2   1900     5-14     16966
3   1900    15-24     14951
4   1900    25-34     12161
5   1900    35-44      9273
6   1900    45-54      6437
7   1900    55-64      4026
8   1900      >64      3099
9   1901       <5      9336
10  1901     5-14     17158
11  1901    15-24     15242
12  1901    25-34     12442
13  1901    35-44      9504
14  1901    45-54      6606
15  1901    55-64      4122
16  1901      >64      3174
17  1902       <5      9502
18  1902     5-14     17360
19  1902    15-24     15555
20  1902    25-34     12737
21  1902    35-44      9745
22  1902    45-54      6788
23  1902    55-64      4220
24  1902      >64      3256
25  1903       <5      9645
26  1903     5-14     17524
27  1903    15-24     15858
28  1903    25-34     13019
29  1903    35-44      9974
30  1903    45-54      6964
31  1903    55-64      4313
32  1903      >64      3335
33  1904       <5      9791
34  1904     5-14     17697
35  1904    15-24     16178
36  1904    25-34     13315
37  1904    35-44     10211
38  1904    45-54      7150
39  1904    55-64      4410
40  1904      >64      3414
41  1905       <5      9944
42  1905     5-14     17888
43  1905    15-24     16526
44  1905    25-34     13631
45  1905    35-44     10461
46  1905    45-54      7350
47  1905    55-64      4517
48  1905      >64      3505
49  1906       <5     10092
50  1906     5-14     18067
51  1906    15-24     16864
52  1906    25-34     13952
53  1906    35-44     10705
54  1906    45-54      7554
55  1906    55-64      4621
56  1906      >64      3595
57  1907       <5     10220
58  1907     5-14     18240
59  1907    15-24     17184
60  1907    25-34     14257
61  1907    35-44     10945
62  1907    45-54      7755
63  1907    55-64      4724
64  1907      >64      3684
65  1908       <5     10364
66  1908     5-14     18440
67  1908    15-24     17526
68  1908    25-34     14585
69  1908    35-44     11202
70  1908    45-54      7974
71  1908    55-64      4840
72  1908      >64      3779
73  1909       <5     10509
74  1909     5-14     18670
75  1909    15-24     17871
76  1909    25-34     14923
77  1909    35-44     11471
78  1909    45-54      8204
79  1909    55-64      4964
80  1909      >64      3878
81  1910       <5     10671
82  1910     5-14     18950
83  1910    15-24     18212
84  1910    25-34     15274
85  1910    35-44     11759
86  1910    45-54      8454
87  1910    55-64      5101
88  1910      >64      3986
89  1911       <5     10796
90  1911     5-14     19214
91  1911    15-24     18355
92  1911    25-34     15530
93  1911    35-44     12003
94  1911    45-54      8657
95  1911    55-64      5234
96  1911      >64      4074
97  1912       <5     10915
98  1912     5-14     19503
99  1912    15-24     18477
100 1912    25-34     15772
101 1912    35-44     12252
102 1912    45-54      8875
103 1912    55-64      5372
104 1912      >64      4169
105 1913       <5     11082
106 1913     5-14     19904
107 1913    15-24     18649
108 1913    25-34     16070
109 1913    35-44     12562
110 1913    45-54      9135
111 1913    55-64      5542
112 1913      >64      4281
113 1914       <5     11244
114 1914     5-14     20316
115 1914    15-24     18796
116 1914    25-34     16370
117 1914    35-44     12875
118 1914    45-54      9398
119 1914    55-64      5711
120 1914      >64      4401
121 1915       <5     11347
122 1915     5-14     20660
123 1915    15-24     18844
124 1915    25-34     16580
125 1915    35-44     13130
126 1915    45-54      9618
127 1915    55-64      5866
128 1915      >64      4501
129 1916       <5     11442
130 1916     5-14     21008
131 1916    15-24     18872
132 1916    25-34     16776
133 1916    35-44     13388
134 1916    45-54      9846
135 1916    55-64      6026
136 1916      >64      4603
137 1917       <5     11527
138 1917     5-14     21369
139 1917    15-24     18836
140 1917    25-34     16913
141 1917    35-44     13647
142 1917    45-54     10068
143 1917    55-64      6194
144 1917      >64      4714
145 1918       <5     11606
146 1918     5-14     21732
147 1918    15-24     18071
148 1918    25-34     16445
149 1918    35-44     13879
150 1918    45-54     10293
151 1918    55-64      6356
152 1918      >64      4826
153 1919       <5     11536
154 1919     5-14     21849
155 1919    15-24     18465
156 1919    25-34     16912
157 1919    35-44     14008
158 1919    45-54     10402
159 1919    55-64      6456
160 1919      >64      4886
161 1920       <5     11631
162 1920     5-14     22158
163 1920    15-24     18821
164 1920    25-34     17416
165 1920    35-44     14382
166 1920    45-54     10505
167 1920    55-64      6619
168 1920      >64      4929
169 1921       <5     11879
170 1921     5-14     22515
171 1921    15-24     19140
172 1921    25-34     17747
173 1921    35-44     14665
174 1921    45-54     10721
175 1921    55-64      6791
176 1921      >64      5080
177 1922       <5     12031
178 1922     5-14     22788
179 1922    15-24     19402
180 1922    25-34     17924
181 1922    35-44     14823
182 1922    45-54     10899
183 1922    55-64      6951
184 1922      >64      5231
185 1923       <5     12119
186 1923     5-14     23089
187 1923    15-24     19798
188 1923    25-34     18231
189 1923    35-44     15066
190 1923    45-54     11068
191 1923    55-64      7165
192 1923      >64      5411
193 1924       <5     12269
194 1924     5-14     23358
195 1924    15-24     20314
196 1924    25-34     18557
197 1924    35-44     15337
198 1924    45-54     11278
199 1924    55-64      7387
200 1924      >64      5609
201 1925       <5     12316
202 1925     5-14     23614
203 1925    15-24     20691
204 1925    25-34     18720
205 1925    35-44     15576
206 1925    45-54     11521
207 1925    55-64      7605
208 1925      >64      5786
209 1926       <5     12189
210 1926     5-14     23906
211 1926    15-24     21037
212 1926    25-34     18867
213 1926    35-44     15847
214 1926    45-54     11786
215 1926    55-64      7805
216 1926      >64      5960
217 1927       <5     12111
218 1927     5-14     24152
219 1927    15-24     21430
220 1927    25-34     18948
221 1927    35-44     16172
222 1927    45-54     12092
223 1927    55-64      8003
224 1927      >64      6127
225 1928       <5     11978
226 1928     5-14     24320
227 1928    15-24     21811
228 1928    25-34     18953
229 1928    35-44     16540
230 1928    45-54     12430
231 1928    55-64      8178
232 1928      >64      6299
233 1929       <5     11734
234 1929     5-14     24470
235 1929    15-24     22151
236 1929    25-34     18941
237 1929    35-44     16921
238 1929    45-54     12761
239 1929    55-64      8315
240 1929      >64      6474
241 1930       <5     11372
242 1930     5-14     24631
243 1930    15-24     22487
244 1930    25-34     19039
245 1930    35-44     17270
246 1930    45-54     13096
247 1930    55-64      8477
248 1930      >64      6705
249 1931       <5     11179
250 1931     5-14     24629
251 1931    15-24     22617
252 1931    25-34     19242
253 1931    35-44     17412
254 1931    45-54     13296
255 1931    55-64      8735
256 1931      >64      6928
257 1932       <5     10903
258 1932     5-14     24614
259 1932    15-24     22716
260 1932    25-34     19484
261 1932    35-44     17504
262 1932    45-54     13481
263 1932    55-64      8992
264 1932      >64      7147
265 1933       <5     10612
266 1933     5-14     24531
267 1933    15-24     22820
268 1933    25-34     19750
269 1933    35-44     17569
270 1933    45-54     13684
271 1933    55-64      9249
272 1933      >64      7363
273 1934       <5     10331
274 1934     5-14     24402
275 1934    15-24     22963
276 1934    25-34     20022
277 1934    35-44     17640
278 1934    45-54     13933
279 1934    55-64      9502
280 1934      >64      7582
281 1935       <5     10170
282 1935     5-14     24213
283 1935    15-24     23130
284 1935    25-34     20275
285 1935    35-44     17712
286 1935    45-54     14208
287 1935    55-64      9739
288 1935      >64      7804
289 1936       <5     10044
290 1936     5-14     23942
291 1936    15-24     23309
292 1936    25-34     20505
293 1936    35-44     17783
294 1936    45-54     14495
295 1936    55-64      9949
296 1936      >64      8027
297 1937       <5     10009
298 1937     5-14     23564
299 1937    15-24     23487
300 1937    25-34     20723
301 1937    35-44     17866
302 1937    45-54     14785
303 1937    55-64     10132
304 1937      >64      8258
305 1938       <5     10176
306 1938     5-14     23146
307 1938    15-24     23655
308 1938    25-34     20953
309 1938    35-44     18001
310 1938    45-54     15077
311 1938    55-64     10310
312 1938      >64      8508
313 1939       <5     10418
314 1939     5-14     22701
315 1939    15-24     23819
316 1939    25-34     21176
317 1939    35-44     18178
318 1939    45-54     15336
319 1939    55-64     10487
320 1939      >64      8764
321 1940       <5     10579
322 1940     5-14     22363
323 1940    15-24     24033
324 1940    25-34     21446
325 1940    35-44     18422
326 1940    45-54     15555
327 1940    55-64     10694
328 1940      >64      9031
329 1941       <5     10850
330 1941     5-14     22089
331 1941    15-24     24074
332 1941    25-34     21691
333 1941    35-44     18692
 [ reached getOption("max.print") -- omitted 491 rows ]
> ggplot(uspopage, aes(x=Year, y=Thousands, fill=AgeGroup)) +
+     geom_area(colour="black", size=.2, alpha=.4) +
+     scale_fill_brewer(palette="Blues", breaks=rev(levels(uspopage$AgeGroup)))

> library("plyr", lib.loc="~/R/win-library/3.5")
Warning message:
package ‘plyr’ was built under R version 3.5.1
> library(plyr)
> ggplot(uspopage, aes(x=Year, y=Thousands, fill=AgeGroup, order=desc(AgeGroup))) +
+     geom_area(colour="black", size=.2, alpha=.4) +
+     scale_fill_brewer(palette="Blues")
> ggplot(uspopage, aes(x=Year, y=Thousands, fill=AgeGroup, order=desc(AgeGroup))) +
+     geom_area(colour=NA, alpha=.4) +
+     scale_fill_brewer(palette="Blues") +
+     geom_line(position="stack", size=.2)
> uspopage_prop <- ddply(uspopage, "Year", transform,
+                        Percent = Thousands / sum(Thousands) * 100)
>
> ggplot(uspopage_prop, aes(x=Year, y=Percent, fill=AgeGroup)) +
+     geom_area(colour="black", size=.2, alpha=.4) +
+     scale_fill_brewer(palette="Blues", breaks=rev(levels(uspopage$AgeGroup)))
> uspopage_prop <- ddply(uspopage, "Year", transform,
+                        Percent = Thousands / sum(Thousands) * 100)
>
> clim <- subset(climate, Source == "Berkeley",
+                select=c("Year", "Anomaly10y", "Unc10y"))
>
> ggplot(clim, aes(x=Year, y=Anomaly10y)) +
+     geom_ribbon(aes(ymin=Anomaly10y-Unc10y, ymax=Anomaly10y+Unc10y),
+                 alpha=0.2) +
+     geom_line()
> ggplot(clim, aes(x=Year, y=Anomaly10y)) +
+     geom_line(aes(y=Anomaly10y-Unc10y), colour="grey50", linetype="dotted") +
+     geom_line(aes(y=Anomaly10y+Unc10y), colour="grey50", linetype="dotted") +
+     geom_line()
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn)) + geom_point()
>
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn)) + geom_point(shape=21)
>
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn)) + geom_point(size=1.5)
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, colour=sex)) + geom_point()
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, shape=sex)) + geom_point()
>
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, shape=sex, colour=sex)) +
+     geom_point()
>
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, shape=sex, colour=sex)) +
+     geom_point() +
+     scale_shape_manual(values=c(1,2)) +
+     scale_colour_brewer(palette="Set1")
>
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn)) + geom_point(shape=3)
>
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, shape=sex)) +
+     geom_point(size=3) + scale_shape_manual(values=c(1, 4))
>
> hw <- heightweight
> hw$weightGroup <- cut(hw$weightLb, breaks=c(-Inf, 100, Inf),
+                       labels=c("< 100", ">= 100"))
> ggplot(hw, aes(x=ageYear, y=heightIn, shape=sex, fill=weightGroup)) +
+     geom_point(size=2.5) +
+     scale_shape_manual(values=c(21, 24)) +
+     scale_fill_manual(values=c(NA, "black"),
+                       guide=guide_legend(override.aes=list(shape=21)))
>
> heightweight[, c("sex", "ageYear", "heightIn", "weightLb")]
    sex ageYear heightIn weightLb
1     f   11.92     56.3     85.0
2     f   12.92     62.3    105.0
3     f   12.75     63.3    108.0
4     f   13.42     59.0     92.0
5     f   15.92     62.5    112.5
6     f   14.25     62.5    112.0
7     f   15.42     59.0    104.0
8     f   11.83     56.5     69.0
9     f   13.33     62.0     94.5
10    f   11.67     53.8     68.5
11    f   11.58     61.5    104.0
12    f   14.83     61.5    103.5
13    f   13.08     64.5    123.5
14    f   12.42     58.3     93.0
15    f   11.92     51.3     50.5
16    f   12.08     58.8     89.0
17    f   15.92     65.3    107.0
18    f   12.50     59.5     78.5
19    f   12.25     61.3    115.0
20    f   15.00     63.3    114.0
21    f   11.75     61.8     85.0
22    f   11.67     53.5     81.0
23    f   13.67     58.0     83.5
24    f   14.67     61.3    112.0
25    f   15.42     63.3    101.0
26    f   13.83     61.5    103.5
27    f   14.58     60.8     93.5
28    f   15.00     59.0    112.0
29    f   17.50     65.5    140.0
30    f   12.17     56.3     83.5
31    f   14.17     64.3     90.0
32    f   13.50     58.0     84.0
33    f   12.42     64.3    110.5
34    f   11.58     57.5     96.0
35    f   15.50     57.8     95.0
36    f   16.42     61.5    121.0
37    f   14.08     62.3     99.5
38    f   14.75     61.8    142.5
39    f   15.42     65.3    118.0
40    f   15.17     58.3    104.5
41    f   14.42     62.8    102.5
42    f   13.83     59.3     89.5
43    f   14.00     61.5     95.0
44    f   14.08     62.0     98.5
45    f   12.50     61.3     94.0
46    f   15.33     62.3    108.0
47    f   11.58     52.8     63.5
48    f   12.25     59.8     84.5
49    f   12.00     59.5     93.5
50    f   14.75     61.3    112.0
51    f   14.83     63.5    148.5
52    f   16.42     64.8    112.0
53    f   12.17     60.0    109.0
54    f   12.08     59.0     91.5
55    f   12.25     55.8     75.0
56    f   12.08     57.8     84.0
57    f   12.92     61.3    107.0
58    f   13.92     62.3     92.5
59    f   15.25     64.3    109.5
60    f   11.92     55.5     84.0
61    f   15.25     64.5    102.5
62    f   15.42     60.0    106.0
63    f   12.33     56.3     77.0
64    f   12.25     58.3    111.5
65    f   12.83     60.0    114.0
66    f   13.00     54.5     75.0
67    f   12.00     55.8     73.5
68    f   12.83     62.8     93.5
69    f   12.67     60.5    105.0
70    f   15.92     63.3    113.5
71    f   15.83     66.8    140.0
72    f   11.67     60.0     77.0
73    f   12.33     60.5     84.5
74    f   15.75     64.3    113.5
75    f   11.92     58.3     77.5
76    f   14.83     66.5    117.5
77    f   13.67     65.3     98.0
78    f   13.08     60.5    112.0
79    f   12.25     59.5    101.0
80    f   12.33     59.0     95.0
81    f   14.75     61.3     81.0
82    f   14.25     61.5     91.0
83    f   14.33     64.8    142.0
84    f   15.83     56.8     98.5
85    f   15.25     66.5    112.0
86    f   11.92     61.5    116.5
87    f   14.92     63.0     98.5
88    f   15.50     57.0     83.5
89    f   15.17     65.5    133.0
90    f   15.17     62.0     91.5
91    f   11.83     56.0     72.5
92    f   13.75     61.3    106.5
93    f   13.75     55.5     67.0
94    f   12.83     61.0    122.5
95    f   12.50     54.5     74.0
96    f   12.92     66.0    144.5
97    f   13.58     56.5     84.0
98    f   11.75     56.0     72.5
99    f   12.25     51.5     64.0
100   f   17.50     62.0    116.0
101   f   14.25     63.0     84.0
102   f   13.92     61.0     93.5
103   f   15.17     64.0    111.5
104   f   12.00     61.0     92.0
105   f   16.08     59.8    115.0
106   f   11.75     61.3     85.0
107   f   13.67     63.3    108.0
108   f   15.50     63.5    108.0
109   f   14.08     61.5     85.0
110   f   14.58     60.3     86.0
111   f   15.00     61.3    110.5
112   m   13.75     64.8     98.0
113   m   13.08     60.5    105.0
114   m   12.00     57.3     76.5
115   m   12.50     59.5     84.0
116   m   12.50     60.8    128.0
117   m   11.58     60.5     87.0
118   m   15.75     67.0    128.0
119   m   15.25     64.8    111.0
120   m   12.25     50.5     79.0
121   m   12.17     57.5     90.0
122   m   13.33     60.5     84.0
123   m   13.00     61.8    112.0
124   m   14.42     61.3     93.0
125   m   12.58     66.3    117.0
126   m   11.75     53.3     84.0
127   m   12.50     59.0     99.5
128   m   13.67     57.8     95.0
129   m   12.75     60.0     84.0
130   m   17.17     68.3    134.0
132   m   14.67     63.8     98.5
133   m   14.67     65.0    118.5
134   m   11.67     59.5     94.5
135   m   15.42     66.0    105.0
136   m   15.00     61.8    104.0
137   m   12.17     57.3     83.0
138   m   15.25     66.0    105.5
139   m   11.67     56.5     84.0
140   m   12.58     58.3     86.0
141   m   12.58     61.0     81.0
142   m   12.00     62.8     94.0
143   m   13.33     59.3     78.5
144   m   14.83     67.3    119.5
145   m   16.08     66.3    133.0
146   m   13.50     64.5    119.0
147   m   13.67     60.5     95.0
148   m   15.50     66.0    112.0
149   m   11.92     57.5     75.0
150   m   14.58     64.0     92.0
151   m   14.58     68.0    112.0
152   m   14.58     63.5     98.5
153   m   14.42     69.0    112.5
154   m   14.17     63.8    112.5
155   m   14.50     66.0    108.0
156   m   13.67     63.5    108.0
157   m   12.00     59.5     88.0
158   m   13.00     66.3    106.0
159   m   12.42     57.0     92.0
160   m   12.00     60.0    117.5
161   m   12.25     57.0     84.0
162   m   15.67     67.3    112.0
163   m   14.08     62.0    100.0
164   m   14.33     65.0    112.0
165   m   12.50     59.5     84.0
166   m   16.08     67.8    127.5
167   m   13.08     58.0     80.5
168   m   14.00     60.0     93.5
169   m   11.67     58.5     86.5
170   m   13.00     58.3     92.5
171   m   13.00     61.5    108.5
172   m   13.17     65.0    121.0
173   m   15.33     66.5    112.0
174   m   13.00     68.5    114.0
175   m   12.00     57.0     84.0
176   m   14.67     61.5     81.0
177   m   14.00     66.5    111.5
178   m   12.42     52.5     81.0
179   m   11.83     55.0     70.0
180   m   15.67     71.0    140.0
181   m   16.92     66.5    117.0
182   m   11.83     58.8     84.0
183   m   15.75     66.3    112.0
184   m   15.67     65.8    150.5
185   m   16.67     71.0    147.0
186   m   12.67     59.5    105.0
187   m   14.50     69.8    119.5
188   m   13.83     62.5     84.0
189   m   12.08     56.5     91.0
190   m   11.92     57.5    101.0
191   m   13.58     65.3    117.5
192   m   13.83     67.3    121.0
193   m   15.17     67.0    133.0
194   m   14.42     66.0    112.0
195   m   12.92     61.8     91.5
196   m   13.50     60.0    105.0
197   m   14.75     63.0    111.0
198   m   14.75     60.5    112.0
199   m   14.58     65.5    114.0
200   m   13.83     62.0     91.0
201   m   12.50     59.0     98.0
202   m   12.50     61.8    118.0
203   m   15.67     63.3    115.5
204   m   13.58     66.0    112.0
205   m   14.25     61.8    112.0
206   m   13.50     63.0     91.0
207   m   11.75     57.5     85.0
208   m   14.50     63.0    112.0
209   m   11.83     56.0     87.5
210   m   12.33     60.5    118.0
211   m   11.67     56.8     83.5
212   m   13.33     64.0    116.0
213   m   12.00     60.0     89.0
214   m   17.17     69.5    171.5
215   m   13.25     63.3    112.0
216   m   12.42     56.3     72.0
217   m   16.08     72.0    150.0
218   m   16.17     65.3    134.5
219   m   12.67     60.8     97.0
220   m   12.17     55.0     71.5
221   m   11.58     55.0     73.5
222   m   15.50     66.5    112.0
223   m   13.42     56.8     75.0
224   m   12.75     64.8    128.0
225   m   16.33     64.5     98.0
226   m   13.67     58.0     84.0
227   m   13.25     62.8     99.0
228   m   14.83     63.8    112.0
229   m   12.75     57.8     79.5
230   m   12.92     57.3     80.5
231   m   14.83     63.5    102.5
232   m   11.83     55.0     76.0
233   m   13.67     66.5    112.0
234   m   15.75     65.0    114.0
235   m   13.67     61.5    140.0
236   m   13.92     62.0    107.5
237   m   12.58     59.3     87.0
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, colour=weightLb)) + geom_point()
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, size=weightLb)) + geom_point()
>
> ggplot(heightweight, aes(x=weightLb, y=heightIn, fill=ageYear)) +
+     geom_point(shape=21, size=2.5) +
+     scale_fill_gradient(low="black", high="white")
> ggplot(heightweight, aes(x=weightLb, y=heightIn, fill=ageYear)) +
+     geom_point(shape=21, size=2.5) +
+     scale_fill_gradient(low="black", high="white", breaks=12:17,
+                         guide=guide_legend())
> ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, size=weightLb, colour=sex)) +
+     geom_point(alpha=.5) +
+     scale_size_area() + # Make area proportional to numeric value
+     scale_colour_brewer(palette="Set1")
>
> p <- ggplot(heightweight, aes(x=sex, y=heightIn))
> p + geom_violin()
> p + geom_violin() + geom_boxplot(width=.1, fill="black", outlier.colour=NA) +
+     stat_summary(fun.y=median, geom="point", fill="white", shape=21, size=2.5)
> p + geom_violin(trim=FALSE)
>
> p + geom_violin(scale="count")
>
> p + geom_violin(adjust=2)
> p + geom_violin(adjust=.5)
> countries2009 <- subset(countries, Year==2009 & healthexp>2000)
> p <- ggplot(countries2009, aes(x=infmortality))
>
> p + geom_dotplot()
`stat_bindot()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
>
> p + geom_dotplot(binwidth=.25) + geom_rug() +
+     scale_y_continuous(breaks=NULL) + # Remove tick markers
+     theme(axis.title.y=element_blank())
> p + geom_dotplot(method="histodot", binwidth=.25) + geom_rug() +
+     scale_y_continuous(breaks=NULL) + theme(axis.title.y=element_blank())
> p + geom_dotplot(binwidth=.25, stackdir="center")
> scale_y_continuous(breaks=NULL) + theme(axis.title.y=element_blank())
Error: Cannot add ggproto objects together. Did you forget to add this object to a ggplot object?
> p + geom_dotplot(binwidth=.25, stackdir="centerwhole")
> scale_y_continuous(breaks=NULL) + theme(axis.title.y=element_blank())
Error: Cannot add ggproto objects together. Did you forget to add this object to a ggplot object?
>
> ggplot(heightweight, aes(x=sex, y=heightIn)) +
+     geom_dotplot(binaxis="y", binwidth=.5, stackdir="center")
> ggplot(heightweight, aes(x=sex, y=heightIn)) +
+     geom_boxplot(outlier.colour=NA, width=.4) +
+     geom_dotplot(binaxis="y", binwidth=.5, stackdir="center", fill=NA)
> ggplot(heightweight, aes(x=sex, y=heightIn)) +
+     geom_boxplot(aes(x=as.numeric(sex) + .2, group=sex), width=.25) +
+     geom_dotplot(aes(x=as.numeric(sex) - .2, group=sex), binaxis="y",
+                  binwidth=.5, stackdir="center") +
+     scale_x_continuous(breaks=1:nlevels(heightweight$sex),
+                        labels=levels(heightweight$sex))
>
> library("plot3D", lib.loc="~/R/win-library/3.5")
Warning message:
package ‘plot3D’ was built under R version 3.5.2
> library(plot3D)
> p <- ggplot(faithful, aes(x=eruptions, y=waiting))
>
> p + geom_point() + stat_density3d()
Error in stat_density3d() : could not find function "stat_density3d"
> p + geom_point() + stat_density2d()
> p + stat_density2d(aes(colour=..level..))
> p + stat_density2d(aes(fill=..density..), geom="raster", contour=FALSE)
>
> p + geom_point() +
+     stat_density2d(aes(alpha=..density..), geom="tile", contour=FALSE)
>
> p + stat_density2d(aes(fill=..density..), geom="raster",
+                    contour=FALSE, h=c(.5,5))
>
> p <- ggplot(faithful, aes(x=eruptions, y=waiting)) + geom_point()
>
> p + annotate("text", x=3, y=48, label="Group 1") +
+     annotate("text", x=4.5, y=66, label="Group 2")
> p + annotate("text", x=3, y=48, label="Group 1", family="serif",
+              fontface="italic", colour="darkred", size=3) +
+     annotate("text", x=4.5, y=66, label="Group 2", family="serif",
+              fontface="italic", colour="darkred", size=3)
>
> geom_text(x=4.5, y=66, label="Group 2", alpha=.1)
geom_text: parse = FALSE, check_overlap = FALSE, na.rm = FALSE
stat_identity: na.rm = FALSE
position_identity
> p + annotate("text", x=-Inf, y=Inf, label="Upper left", hjust=-.2, vjust=2) +
+     annotate("text", x=mean(range(faithful$eruptions)), y=-Inf, vjust=-0.4,
+              label="Bottom middle")
>
> p <- ggplot(data.frame(x=c(-3,3)), aes(x=x)) + stat_function(fun = dnorm)
>
> p + annotate("text", x=2, y=0.3, parse=TRUE,
+              label="frac(1, sqrt(2 * pi)) * e ^ {-x^2 / 2}")
> p + annotate("text", x=0, y=0.05, parse=TRUE, size=4,
+              label="'Function: ' * y==frac(1, sqrt(2*pi)) * e^{-x^2/2}")
> p <- ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, colour=sex)) + geom_point()
>
> p + geom_hline(yintercept=60) + geom_vline(xintercept=14)
>
> p + geom_abline(intercept=37.4, slope=1.75)
> ggplot(wind, aes(x=DirCat, fill=SpeedCat)) +
+     geom_histogram(binwidth=15, origin=-7.5) +
+     coord_polar() +
+     scale_x_continuous(limits=c(0,360))
Warning messages:
1: `origin` is deprecated. Please use `boundary` instead.
2: Removed 8 rows containing missing values (geom_bar).
> ggplot(wind, aes(x=DirCat, fill=SpeedCat)) +
+     geom_histogram(binwidth=15, origin=-7.5, colour="black", size=.25) +
+     guides(fill=guide_legend(reverse=TRUE)) +
+     coord_polar() +
+     scale_x_continuous(limits=c(0,360), breaks=seq(0, 360, by=45),
+                        minor_breaks=seq(0, 360, by=15)) +
+     scale_fill_brewer()
Warning messages:
1: `origin` is deprecated. Please use `boundary` instead.
2: Removed 8 rows containing missing values (geom_bar).
>
> p <- ggplot(md, aes(x=month, y=deaths)) + geom_line() +
+     scale_x_continuous(breaks=1:12)
Error in ggplot(md, aes(x = month, y = deaths)) : object 'md' not found
> md <- ddply(md, "month", summarise, deaths = mean(deaths))
Error in empty(.data) : object 'md' not found
>
> p <- ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn)) + geom_point()
>
> p + theme(axis.title.x=element_text(size=16, lineheight=.9, family="Times",
+                                     face="bold.italic", colour="red"))
Warning messages:
1: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
2: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
3: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
> p + ggtitle("Age and Height\nof Schoolchildren") +
+     theme(plot.title=element_text(size=rel(1.5), lineheight=.9, family="Times",
+                                   face="bold.italic", colour="red"))
Warning messages:
1: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
2: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
3: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
4: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
5: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
6: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
7: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
8: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
9: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
>
> p + annotate("text", x=15, y=53, label="Some text", size = 7, family="Times",
+              fontface="bold.italic", colour="red")
Warning messages:
1: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
2: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
3: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
4: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
5: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
6: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
7: In grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
>
> p + geom_text(aes(label=weightLb), size=4, family="Times", colour="red")
Warning messages:
1: In grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
2: In grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
3: In grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
>
> p + theme_grey(base_size=16, base_family="Times")
Warning messages:
1: In grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
2: In grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
3: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
4: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
5: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
6: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
7: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
8: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
9: In grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
10: In grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  :
  font family not found in Windows font database
>
> p <- ggplot(heightweight, aes(x=ageYear, y=heightIn, colour=sex)) + geom_point()
There were 16 warnings (use warnings() to see them)
> p + theme(
+     panel.grid.major = element_line(colour="red"),
+     panel.grid.minor = element_line(colour="red", linetype="dashed", size=0.2),
+     panel.background = element_rect(fill="lightblue"),
+     panel.border = element_rect(colour="blue", fill=NA, size=2))
> p <- ggplot(uspopage, aes(x=Year, y=Thousands, fill=AgeGroup)) + geom_area()
>
> p + scale_fill_discrete()
> p + scale_fill_hue()
>
> p + scale_fill_brewer()

Post a Comment

0 Comments